1940. Itàlia està en guerra. Salvatore Todaro comanda el submarí Cappellini, navegant per les aigües de lAtlàntic. Un vaixell enemic és a la vista. El comandant fa el que ha de fer: lenfonsa. Aleshores, desobeint ordres superiors però respectant la llei del mar, en rescata els supervivents i els salva la vida.
Aquesta és la història del que va passar a bord del submergible, un espai atapeït, ple desperança i solidaritat, de baralles i dàpats reconfortants. Comandant és també un crit atemporal dindignació contra la barbàrie de tot conflicte bèl·lic, i la reivindicació de qui està disposat a fer prevaldre, malgrat tot, els valors humanitaris.